追記

どうやらStreamを使用したらいいようです。
参考元:ITPro 第1回　ファイルの扱い方

	public String InputFile(String path){
		byte bytes[]=null;
		try{
			//ファイル入力系ストリーム宣言
			FileInputStream fs = new FileInputStream(path);
			//読み込んだファイルの長さを元に、byte型文字列の長さを決定
			bytes= new byte[fs.available()];
			//格納
			fs.read(bytes);

		}catch(IOException e){
			System.out.println(e);
		}
		
		//返却がStringなので変換
		return new String(bytes);
	}

本当にこれでいいの？？って思うくらい簡単だった。
しかもサンプルがまるっと提供されてて時間をむだにしてしまったよよよ。。。

ほかに調べていて、環境ごとに変わってしまうOS依存のプロパティを取得できるメソッドなんかもあるのね。
確かにwindowsだと改行は\nだけど、unixとかだと違うんだよねー。
汎用的なツールを作成するときに気をつけないといけないポイントだなあと思った。